La phrase est correcte.
La forme verbale « m'aies » est bien conjuguée au subjonctif passé, qui est requise après « je m'étonne que ». Donc, la phrase est correcte telle quelle : « je m'étonne que tu ne m'aies pas envoyé ».
Cependant, pour apporter une précision, il serait judicieux d'ajouter ce que l'on attendait de recevoir, comme par exemple : « je m'étonne que tu ne m'aies pas envoyé de message ».
Mais si l'on cherche une reformulation plus naturelle, on peut dire :